借地権者が地代の支払いをしているのであれば、時効取得されると言うことはありません。
時効取得の要件として、[1]所有の意思を持って[2]平穏かつ公然と[3]他人のものを占有する、必要があります。
地代を払っている=借りている事を認める事ですので[1]の「所有の意思を持って占有」の事項が満たされないためです。ただし借地権者が『自分は借地権者ではなく土地の所有者だ』と明確に主張し、平穏かつ公然に(地主さんが異議が異議を唱えない状態で)20年間占有すれば、悪意(=他人の所有地であることを知っている)で時効取得することがあります。