抵当権設定と借地権の対抗要件の前後によって異なります。抵当権設定登記が先の場合、銀行等の抵当権者は完全な所有権として価値を把握しています。借地権者さんがいる状態で売却したのでは貸したお金を回収できなくなります。そのため借地権者さんは抵当権設定の登記に後れる借地権登記または建物登記を設定している場合は借地権は抵当権者に対抗できず、土地を明渡さなくてはなりません。
一方、借地権者さんの借地権登記または建物登記が先の場合は逆になります。抵当権者は底地であることをわかった上でお金を貸していますのでなんら不都合はなく、借地権の対抗力を主張できます。